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                中科院海洋所构建幸运快3走势一定牛完成长牡蛎染色体水平基因组和变异图谱

                2021-04-06 18:49:28 来源: 幸运快3日报 作者: 王健高 王敏

                幸运快3日报记者幸运快3app官方网站▓】 王健高 通讯员 王敏

                4月6日,记者从中国科学院海洋研究所获悉,由该所张国范研究组独立完成的幸运快3精准计划软件论文《长牡蛎染色体水平基因组和变异图谱构建》近日在国际知幸运快3免费计划精准版名期刊《分子〓生态资源》在线发表。亓海刚副研究员为论文江幸运快3走势图第一作者,李莉研究员和张国范研究员为通讯作者。

                张国范ㄨ介绍,该研究首次构建了长牡蛎染色体水平基因组和贝类中第一张↑包含SNP、INDEL和CNV的综合序列变幸运快3走势图表一定牛异图谱,发现长牡蛎基因组中存在高比例的长片段重复序列幸运快3如何分析走势,CNV结构变◥异可导致个体间平均21%的区域差异,更新了长牡蛎基因组∞资源和对基因组复杂彩票幸运快3官网性的认知。

                图1:长牡蛎基因组序列图谱

                长牡蛎俗称▓太平洋牡蛎,是世界重要的养殖贝类,具有重要的经济和生态价幸运快3大小规律值。张国范研究组长期从事贝类养殖和育种相关工作,并一直◥致力于牡蛎基因资源挖掘和分子※育种研究。2012年在Nature发表的牡蛎第一张基因组图谱得到广泛应用,引领并开幸运快3走势图表下载启了水产物种基因组学相关研究。张国范研究组之@ 后一直对牡蛎基因资源进行々维护和更新。随着新一代测序技术的普及▓和对长牡蛎染色体水平基因组幸运快3形态走势一定牛需求的增加,研究组于2019年正式启动长牡蛎染色体水平基因组构建工作。

                图2:长牡蛎基因组变异图谱

                本研究』利用高覆盖第三代测序(PacBio,~200×)结合HIC技术,并利用遗传连锁图谱进行①辅助,对一个中国青岛的江苏幸运快3一定牛长牡蛎进行从头组装,获得︻基因组总长度为587M,包含10条染色体水平scaffold序列,ContigN50达到3.1M,ScaffoldN50达到60M,组装完整性和连续性均有ω 较大提高。发现基因组中高★比例的长片段重复在基因进化中发挥了重要作用,同时也是导致之前基于二代测序技术组△装的长牡蛎基因组碎片化的主要原因。基于495个野ζ生长牡蛎的重测序数据分析,构建了长牡蛎○综合变异图谱,包含480万个幸运快3进入网址高质量SNP,60万个INDEL和4.9万个CNV。张国范表示,这些新的数据资源对牡蛎●比较基因组学、分子育种和适应进化等研究具有重要意义。

                美ζ 国南加州大学Dennis Hedgecock教授团队成员Xiaoshen Yin博士对幸运快3app正规投注该基因组进行了分析,发现和连锁图谱一致性达到∏90%以上,明显的组装错误不到0.1%,肯定了其较高的组装质量(Yin et al, 2020)。

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                责任编辑:陈可轩